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Matrizes PAM, ou conjunto de matrizes PAM, … Matrizes PAM, ou conjunto de matrizes PAM, de Point Accepted Mutation (do inglês, mutação pontual aceita), também Percent Accepted Mutation (porcentagem de mutação aceita), e também matriz de dados de mutação de Dayhoff ou MD, é um conjunto de matrizes de mutação de peptídeos, ou matrizes de substituição, calculado por ao final dos anos 1970, no que se converteria em um trabalho determinante no campo da bioinformática. Cada matriz, quadrada e simétrica, é normalmente de um tamanho de 20 por 20 (pelos vinte aminoácidos padrão, embora nada impeça contemplar o resto e estender, consequentemente, a ordem da matriz). O valor de uma certa célula representa a probabilidade da substituição de um aminoácido por outro, conhecida como mutação pontual. Como a matriz é calculada observando-se diferenças nas proteínas que estão muito próximas evolutivamente (com pelo menos 85% de similaridade), as substituições em questão não têm efeito sobre a função da proteína, portanto trata-se de mutações aceitas (daí seu nome) no processo evolutivo. Este tipo de matriz é geralmente conhecido como matriz de substituição, e é usada em alinhamentos de sequências tanto de pares como múltiplos. Existem diferentes matrizes PAM. PAM1 foi calculado considerando sequências com uma mutação pontual para cada cem aminoácidos. Em outras palavras, a matriz PAM1 estima o ritmo de substituição esperado entre dois aminoácidos se 1% dos aminoácidos são substituídos. Outras matrizes PAM são derivadas da multiplicação da PAM1 por ela mesma, já que se assume que mutações repetidas seguiriam, em termos de suas probabilidades, o mesmo padrão que aquelas estabelecidas na matriz PAM1, assim como múltiplas substituições podem ocorrer ao mesmo tempo. Matrizes assim derivadas são, portanto, mais adequadas para relacionar sequências evolutivamente mais distantes. PAM250, por exemplo, é o resultado de elevar a 250a potência a PAM1, e é equivalente a 250 substituições para cada cem aminoácidos. Este último exemplo, no qual o número de substituições é superior ao de aminoácidos, é ilustrativo quanto à consideração necessária de múltiplas substituições em um determinado aminoácido (ou em sua situação na sequência) por períodos suficientemente longos. Devido ao exposto, é perceptível que a Dayhoff fez um trabalho com um forte componente teórico ao assumir que uma matriz pode ser calculada para sequências divergentes de uma matriz para sequências intimamente relacionadas, elevando essa segunda matriz a uma determinada potência. Não se deve esquecer que nos anos de desenvolvimento deste trabalho o número de sequências conhecidas foi relativamente baixo, para que obras posteriores com uma base empírica mais completa estejam oferecendo melhores resultados aos pesquisadores (caso das matrizes BLOSUM). Por outro lado, a mesma metodologia de Dayhoff tem sido usada nas décadas subsequentes, mas aproveitando os grandes bancos de dados de proteínas atuais (caso das matrizes JTT). As matrizes PAM de uso mais comum são as PAM30 e PAM70.AM de uso mais comum são as PAM30 e PAM70.
, A point accepted mutation — also known as … A point accepted mutation — also known as a PAM — is the replacement of a single amino acid in the primary structure of a protein with another single amino acid, which is accepted by the processes of natural selection. This definition does not include all point mutations in the DNA of an organism. In particular, silent mutations are not point accepted mutations, nor are mutations that are lethal or that are rejected by natural selection in other ways. A PAM matrix is a matrix where each column and row represents one of the twenty standard amino acids. In bioinformatics, PAM matrices are sometimes used as substitution matrices to score sequence alignments for proteins. Each entry in a PAM matrix indicates the likelihood of the amino acid of that row being replaced with the amino acid of that column through a series of one or more point accepted mutations during a specified evolutionary interval, rather than these two amino acids being aligned due to chance. Different PAM matrices correspond to different lengths of time in the evolution of the protein sequence. in the evolution of the protein sequence.
, PAM, acronimo di Point Accepted Mutation o … PAM, acronimo di Point Accepted Mutation o Percent Accepted Mutation, indica un insieme di matrici di sostituzione usate in bioinformatica per l'allineamento di due sequenze di caratteri (nucleotidi o aminoacidi). Durante la ricerca di un allineamento tra due sequenze è necessario infatti valutare la bontà degli allineamenti trovati.Per fare questo si attribuisce un punteggio ad ogni coppia di caratteri, che permetterà di trovare l'allineamento che massimizza la similarità tra le due sequenze.In questo contesto ci si chiede se le sostituzioni tra caratteri abbiano tutte la stessa importanza e quindi vadano valutate tutte allo stesso modo.di vadano valutate tutte allo stesso modo.
, El conjunto de matrices PAM, o Point Accep … El conjunto de matrices PAM, o Point Accepted Mutation (del inglés, mutación puntual aceptada), también Percent Accepted Mutation, y también matriz de datos de mutación de Dayhoff o MD, es un conjunto de matrices de mutación de péptidos, o matrices de sustitución, calculado por Margaret Dayhoff a finales de los años 70 del pasado siglo, en lo que se convertiría en un trabajo determinante en el campo de la bioinformática. Cada matriz, cuadrada y simétrica, es normalmente de un tamaño de 20 por 20 (por los veinte aminoácidos estándar, aunque nada impide contemplar los restantes y ampliar, en consecuencia, el orden de la matriz). El valor de una determinada celda representa la probabilidad de la sustitución de un aminoácido por otro, conocida como mutación puntual. Puesto que la matriz se calcula observando diferencias en proteínas muy cercanas evolutivamente (con, al menos, un 85% de similitud), las sustituciones en cuestión no tienen efecto sobre la función de la proteína, por lo que se trata de mutaciones aceptadas (de ahí su nombre) en el proceso evolutivo. Este tipo de matriz se conoce usualmente como matriz de sustitución, y se usa en alineamientos de secuencias tanto de pares como múltiples. Hay diferentes matrices PAM. PAM1 se calculó considerando secuencias con una mutación puntual por cada cien aminoácidos. En otras palabras, la matriz PAM1 estima el ritmo de sustitución esperado entre dos aminoácidos si el 1% de los aminoácidos cambian. Otras matrices PAM se derivan de la multiplicación de la PAM1 por sí misma, ya que se asume que mutaciones repetidas seguirían, en cuanto a sus probabilidades, el mismo patrón que las establecidas en la matriz PAM1, así como que múltiples sustituciones pueden ocurrir al mismo tiempo. Las matrices derivadas de esta forma son, por lo tanto, más adecuadas para relacionar secuencias evolutivamente más lejanas. PAM250, por ejemplo, es el resultado de elevar a la 250 potencia a PAM1, y es equivalente a 250 sustituciones por cada cien aminoácidos. Este último ejemplo, en el que el número de sustituciones es superior al de aminoácidos, es ilustrativo en cuanto a la necesaria consideración de sustituciones múltiples sobre un determinado aminoácido (o sobre su situación en la secuencia) para periodos suficientemente largos. Por lo anterior, es apreciable que Dayhoff realizó un trabajo con un fuerte componente teórico al asumir que se puede calcular una matriz para secuencias divergentes desde una matriz para secuencias cercanamente relacionadas, elevando esta segunda matriz a una determinada potencia. No hay que olvidar que en los años de desarrollo de este trabajo el número de secuencias conocidas era relativamente escaso, por lo que trabajos posteriores con una más completa base empírica están ofreciendo a los investigadores mejores resultados (caso de las matrices BLOSUM). Por otra parte, también se ha utilizado la misma metodología de Dayhoff en décadas posteriores, pero aprovechando las grandes bases de datos de proteínas actuales (caso de las matrices JTT). Las matrices PAM de uso más común son las PAM30 y PAM70.M de uso más común son las PAM30 y PAM70.
, الطفرة النقطية المقبولة (بالإنجليزية: Poin … الطفرة النقطية المقبولة (بالإنجليزية: Point accepted mutation) والمعروفة أيضًا باسم PAMهي تلك الطفرة التي يستبدل فيها حمض أميني واحد في التركيب الأساسي للبروتين بحمض أميني آخر، وهو ما يعد أمر مقبول خلال عمليات الاصطفاء الطبيعي. ولا يشمل هذا التعريف جميع أنواع الطفرات النقطية (Point mutations) في الحمض النووي للكائن الحي؛ حيث لا تعد الطفرات الصامتة أو الطفرات المميتة أو غيرها من الطفرات المرفوضة بواسطة الاصطفاء الطبيعي، من أنواع PAM. هذا ويمثل كل عامود وصف في مصفوفة PAMاحد الأحماض الأمينية العشرين الأساسية. ولهذا تستخدم مصفوفات PAM، في المعلوماتية الحيوية، بانتظام كمصفوفات بديلة لتسجيل مدى انتظام تسلسل البروتينات. ويشير كل إدخال في مصفوفة PAM إلى احتمال استبدال الحمض الأميني في ذلك الصف بالحمض الأميني في ذلك العمود من خلال سلسلة واحدة أو أكثر من PAMخلال فترة تطور محددة، بدلاً من افتراض تراص هذين الحمضين الأمينين من باب الصدفة. بالإضافة إلى ذلك فأن مصفوفات PAM المختلفة تتوافق مع أطوال زمنية مختلفة في تطور تسلسل البروتين.أطوال زمنية مختلفة في تطور تسلسل البروتين.
, Eine Point Accepted Mutation Matrix (kurz: … Eine Point Accepted Mutation Matrix (kurz: PAM-Matrix) ist eine mit PAM-Werten gefüllte Substitutionsmatrix, die in der Bioinformatik dazu verwendet wird, die Wahrscheinlichkeit der Veränderung einer Aminosäuresequenz zu bestimmen. Grundlage zur Erstellung einer PAM-Matrix sind statistisch erfasste Werte über Sequenzunterschiede. In der Praxis wird die PAM250-Matrix am häufigsten verwendet. Sie weist eine Sequenzübereinstimmung von etwa 20 % auf, was bedeutet, dass man allein durch die Sequenzanalyse mit einem richtigen Alignment rechnen kann. Erstmals beschrieben wurde sie von Margaret Oakley Dayhoff, die sie 1978 im „Atlas of Protein Sequence and Structure“ publizierte.otein Sequence and Structure“ publizierte.
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الطفرة النقطية المقبولة (بالإنجليزية: Poin … الطفرة النقطية المقبولة (بالإنجليزية: Point accepted mutation) والمعروفة أيضًا باسم PAMهي تلك الطفرة التي يستبدل فيها حمض أميني واحد في التركيب الأساسي للبروتين بحمض أميني آخر، وهو ما يعد أمر مقبول خلال عمليات الاصطفاء الطبيعي. ولا يشمل هذا التعريف جميع أنواع الطفرات النقطية (Point mutations) في الحمض النووي للكائن الحي؛ حيث لا تعد الطفرات الصامتة أو الطفرات المميتة أو غيرها من الطفرات المرفوضة بواسطة الاصطفاء الطبيعي، من أنواع PAM.وضة بواسطة الاصطفاء الطبيعي، من أنواع PAM.
, El conjunto de matrices PAM, o Point Accep … El conjunto de matrices PAM, o Point Accepted Mutation (del inglés, mutación puntual aceptada), también Percent Accepted Mutation, y también matriz de datos de mutación de Dayhoff o MD, es un conjunto de matrices de mutación de péptidos, o matrices de sustitución, calculado por Margaret Dayhoff a finales de los años 70 del pasado siglo, en lo que se convertiría en un trabajo determinante en el campo de la bioinformática. Cada matriz, cuadrada y simétrica, es normalmente de un tamaño de 20 por 20 (por los veinte aminoácidos estándar, aunque nada impide contemplar los restantes y ampliar, en consecuencia, el orden de la matriz)., en consecuencia, el orden de la matriz).
, PAM, acronimo di Point Accepted Mutation o Percent Accepted Mutation, indica un insieme di matrici di sostituzione usate in bioinformatica per l'allineamento di due sequenze di caratteri (nucleotidi o aminoacidi).
, A point accepted mutation — also known as … A point accepted mutation — also known as a PAM — is the replacement of a single amino acid in the primary structure of a protein with another single amino acid, which is accepted by the processes of natural selection. This definition does not include all point mutations in the DNA of an organism. In particular, silent mutations are not point accepted mutations, nor are mutations that are lethal or that are rejected by natural selection in other ways.jected by natural selection in other ways.
, Eine Point Accepted Mutation Matrix (kurz: … Eine Point Accepted Mutation Matrix (kurz: PAM-Matrix) ist eine mit PAM-Werten gefüllte Substitutionsmatrix, die in der Bioinformatik dazu verwendet wird, die Wahrscheinlichkeit der Veränderung einer Aminosäuresequenz zu bestimmen. Grundlage zur Erstellung einer PAM-Matrix sind statistisch erfasste Werte über Sequenzunterschiede.h erfasste Werte über Sequenzunterschiede.
, Matrizes PAM, ou conjunto de matrizes PAM, … Matrizes PAM, ou conjunto de matrizes PAM, de Point Accepted Mutation (do inglês, mutação pontual aceita), também Percent Accepted Mutation (porcentagem de mutação aceita), e também matriz de dados de mutação de Dayhoff ou MD, é um conjunto de matrizes de mutação de peptídeos, ou matrizes de substituição, calculado por ao final dos anos 1970, no que se converteria em um trabalho determinante no campo da bioinformática. Cada matriz, quadrada e simétrica, é normalmente de um tamanho de 20 por 20 (pelos vinte aminoácidos padrão, embora nada impeça contemplar o resto e estender, consequentemente, a ordem da matriz).der, consequentemente, a ordem da matriz).
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