| http://dbpedia.org/ontology/abstract
|
Виртуальная полимеразная цепная реакция (П … Виртуальная полимеразная цепная реакция (ПЦР in silico, цифровая ПЦР, электронная ПЦР, е-ПЦР) — математический метод компьютерного анализа теоретической полимеразной цепной реакции, использующий данные о нуклеотидных последовательностях праймеров (или ДНК-зондов) для предсказания потенциальной амплификации фрагментов исследуемого генома, хромосомы, или любого другого участка ДНК. Этот инструмент используют для оптимизации подбора праймеров или ДНК-зондов к ДНК-мишени. Праймеры анализируются на наличие участков связывания и определяется степень их комплементарности к ДНК-мишени.Некомплементарные основания в участке связывания праймера с ДНК-мишенью снижают стабильность праймера, так как снижают температуру плавления, а также некомплементарные основания в 3'-конце праймера ингибируют инициацию синтеза ДНК в ПЦР с помощью ДНК-полимеразы Taq, которая не обладает корректирующей 3',5'-экзонуклеазной активностью. Если же некомплементарные основания находятся только на 5'-конце праймера и праймер стабилен при конкретной температуре отжига, то в этом случае Taq-полимераза будет использовать данный праймер как затравку для начала синтеза ДНК, комплементарной ДНК-мишени. Потенциально праймер с любой последовательностью нуклеотидных остатков найдёт комплементарные участки связывания на любой геномной ДНК про- или эукариот. Однако, полимеразная цепная реакция не будет проходить эффективно и синтез ПЦР-продукта будет проходить либо линейно (а не экспоненциально), либо не будет проходить вообще. Это связано, во-первых, с тем, что описано выше, для некомплементарных оснований на 3'-конце и стабильностью праймера; и во-вторых, для ПЦР необходимы два близко расположенных праймера, комплементарных обеим цепям и ориентированных 3'-концами друг к другу. Существует большое разнообразие программ для виртуальной ПЦР, различающихся по набору функций, простоте использования, эффективности и стоимости. Вероятно, наиболее широко используемыми являются инструмент «Electronic PCR» (электронная ПЦР), представленный в свободном доступе на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI), а также бесплатная программа компании PrimerDigital. С другой стороны, платная программа FastPCR позволяет одновременно тестировать один праймер или набор праймеров (проб), предназначенных для амплификации множественных мишеней. Потенциальные ПЦР-продукты или сайты связывания праймеров могут быть предсказаны как для линейных, так и для кольцевых матриц, для стандартной, обратной или мультиплексной ПЦР. Программа вычислит температуру плавления для праймеров в участке связывания с ДНК-мишенью с некомплементарными основаниями и определит все потенциальные ПЦР-продукты. Можно также анализировать степень комплементарности и взаимодействие праймеров друг с другом. и взаимодействие праймеров друг с другом.
, La PCR in silico est un outil de bio-infor … La PCR in silico est un outil de bio-informatique utilisé pour simuler la PCR pour un ensemble d'amorces donné. Cet outil est utilisé pour optimiser le design des sondes en fonction de l'ADN (ou l'ADNc) cible. L'optimisation des sondes à deux objectifs : l'efficacité et la sélectivité. L'efficacité est améliorée en prenant en compte des facteurs tels que la proportion de GC, l'efficacité de l'hybridation, la complémentarité, la structure secondaire des acides nucléiques, et le point de fusion (Tm) de l'ADN.Augmenter la sélectivité permet d'éviter que la sonde ne se fixe aléatoirement à un autre site, ou à une région conservée dans un autre gène de la même famille. Si la sélectivité est insuffisante, l'amplicon sera un mélange de multiples produits en plus de la séquence d'intérêt. En dehors de la création d'amorces appropriées, les outils de PCR in silico permettent de prévoir l'emplacement de fixation d'une amorce, son orientation, la longueur de chaque amplicon, permettant de prévoir la mobilité en électrophorèse de ses différents composants, et d'identifier un éventuel cadre de lecture ouvert. De nombreux logiciels sont disponibles. L'un des plus couramment utilisés est e-PCR, qui est en accès libre sur le site web du National Center for Biotechnology Information. est un logiciel commercial permettant de tester simultanément un ensemble d'amorces pour des séquences-cibles multiples (PCR multiplexe). permet de réaliser une simulation dynamique de PCR multiplexe, afin d'estimer les effets quantitatifs de la compétition entre les différents amplicons. Une amorce peut se fixer à de nombreuses séquences prédites, mais seules les séquences avec pas ou peu de mauvais appariements (1 ou 2, selon la localisation) proches de l'extrémité 3' de l'amorce peuvent conduire à une extension par la polymérase. Cela concerne les 10-12 dernières bases près de l'extrémité 3'.12 dernières bases près de l'extrémité 3'.
, In silico PCR refers to computational tool … In silico PCR refers to computational tools used to calculate theoretical polymerase chain reaction (PCR) results using a given set of primers (probes) to amplify DNA sequences from a sequenced genome or transcriptome. These tools are used to optimize the design of primers for target DNA or cDNA sequences. Primer optimization has two goals: efficiency and selectivity. Efficiency involves taking into account such factors as GC-content, efficiency of binding, complementarity, secondary structure, and annealing and melting point (Tm). Primer selectivity requires that the primer pairs not fortuitously bind to random sites other than the target of interest, nor should the primer pairs bind to conserved regions of a gene family. If the selectivity is poor, a set of primers will amplify multiple products besides the target of interest. The design of appropriate short or long primer pairs is only one goal of PCR product prediction. Other information provided by in silico PCR tools may include determining primer location, orientation, length of each amplicon, simulation of electrophoretic mobility, identification of open reading frames, and links to other web resources. Many software packages are available offering differing balances of feature set, ease of use, efficiency, and cost. Primer-BLAST is widely used, and freely accessible from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) website. On the other hand, , a commercial application, allows simultaneous testing of a single primer or a set of primers designed for multiplex target sequences. It performs a fast, gapless alignment to test the complementarity of the primers to the target sequences. Probable PCR products can be found for linear and circular templates using standard or inverse PCR as well as for multiplex PCR. VPCR runs a dynamic simulation of multiplex PCR, allowing for an estimate of quantitative competition effects between multiple amplicons in one reaction. The UCSC Genome Browser offers isPCR, which provides graphical as well text-file output to view PCR products on more than 100 sequenced genomes. A primer may bind to many predicted sequences, but only sequences with no or few mismatches (1 or 2, depending on location and nucleotide) at the 3' end of the primer can be used for polymerase extension. The last 10-12 bases at the 3' end of a primer are sensitive to initiation of polymerase extension and general primer stability on the template binding site. The effect of a single mismatch at these last 10 bases at the 3' end of the primer depends on its position and local structure, reducing the primer binding, selectivity, and PCR efficiency. binding, selectivity, and PCR efficiency.
|
| rdfs:comment |
Виртуальная полимеразная цепная реакция (П … Виртуальная полимеразная цепная реакция (ПЦР in silico, цифровая ПЦР, электронная ПЦР, е-ПЦР) — математический метод компьютерного анализа теоретической полимеразной цепной реакции, использующий данные о нуклеотидных последовательностях праймеров (или ДНК-зондов) для предсказания потенциальной амплификации фрагментов исследуемого генома, хромосомы, или любого другого участка ДНК. Существует большое разнообразие программ для виртуальной ПЦР, различающихся по набору функций, простоте использования, эффективности и стоимости. использования, эффективности и стоимости.
, In silico PCR refers to computational tool … In silico PCR refers to computational tools used to calculate theoretical polymerase chain reaction (PCR) results using a given set of primers (probes) to amplify DNA sequences from a sequenced genome or transcriptome. The design of appropriate short or long primer pairs is only one goal of PCR product prediction. Other information provided by in silico PCR tools may include determining primer location, orientation, length of each amplicon, simulation of electrophoretic mobility, identification of open reading frames, and links to other web resources. frames, and links to other web resources.
, La PCR in silico est un outil de bio-infor … La PCR in silico est un outil de bio-informatique utilisé pour simuler la PCR pour un ensemble d'amorces donné. Cet outil est utilisé pour optimiser le design des sondes en fonction de l'ADN (ou l'ADNc) cible. L'optimisation des sondes à deux objectifs : l'efficacité et la sélectivité. L'efficacité est améliorée en prenant en compte des facteurs tels que la proportion de GC, l'efficacité de l'hybridation, la complémentarité, la structure secondaire des acides nucléiques, et le point de fusion (Tm) de l'ADN.Augmenter la sélectivité permet d'éviter que la sonde ne se fixe aléatoirement à un autre site, ou à une région conservée dans un autre gène de la même famille. Si la sélectivité est insuffisante, l'amplicon sera un mélange de multiples produits en plus de la séquence d'intérêt.produits en plus de la séquence d'intérêt.
|
